Я не на 100% уверен, почему Xcode делает это, но это очень неприятно, потому что мне приходится вручную добавлять эти файлы в проект, и только тогда я могу добавить его группу/цель.
Добавление новых файлов в Xcode не предоставляется для группы или целевого объекта
Ответ 1
Это ошибка в новом Xcode. Этот форум очень похож на ваш, и я считаю, что вы сочтете это полезным: https://forums.developer.apple.com/thread/5162