Ответ 1

Чтобы ответить на пару вопросов, поднятых Грегором. Функция methods ранее не показывала результаты для S4-методов, но теперь это происходит. Выполняя поиск в документе NEWS, я вижу, что это было добавлено с версией 3.2.0:

methods() reports S4 in addition to S3 methods; output is simplified when the class 
argument is used. .S3methods() and methods::.S4methods() report S3 and S4 methods separately.

SpatialPolygons - это объекты S4, и поэтому есть слоты и S4-методы, которые отправляются. Вы можете отобразить метод S4 с помощью:

showMethods(f='plot', classes='SpatialPolygons', includeDefs=TRUE)
#    ---- result ---
Function: plot (package graphics)
x="SpatialPolygons", y="missing"
function (x, y, ...) 
plot.SpatialPolygons(x, ...)

Это говорит вам, что для этого класса есть функция S4. Вы можете выполнить либо sp:::SpatialPolygons, либо getAnywhere(plot.SpatialPolygons), чтобы увидеть код функции. (Часто вызов с использованием includeDefs=TRUE будет отображать R-код, но не здесь.) Результат для methods(plot), когда загружен пакет "sp", говорит вам, что в рабочей области зарегистрировано 8 разных методов S4 участка. Элементы, следующие за запятыми, являются "сигнатурами", которые используются для отправки функций. "missing-method" относится к ситуациям, когда второй аргумент не указан, причем функция missing, выполняемая внутри тела функции, возвращает TRUE:

  [1] plot,ANY,ANY-method                 plot,color,ANY-method              
  [3] plot,Spatial,missing-method         plot,SpatialGrid,missing-method    
  [5] plot,SpatialLines,missing-method    plot,SpatialPixels,missing-method  
  [7] plot,SpatialPoints,missing-method   plot,SpatialPolygons,missing-method

Это покажет вам, что затем используется для отправки plot -call, когда переданный ему объект не соответствует ни одному из методов S4:

showMethods(f='plot', classes='ANY', includeDefs=TRUE)
Function: plot (package graphics)
x="ANY", y="ANY"
function (x, y, ...) 
UseMethod("plot")


x="color", y="ANY"
function (x, y, ...) 
{
    .local <- function (x, y, pch = 20, cex = 3) 
    pairs(coords(x), col = hex(x, fix = TRUE), pch = pch, cex = cex)
    .local(x, y, ...)
}

В основном интерпретатор R сначала проверяет, подходят ли какие-либо S4-методы, и, если это не так, начнет проходить через методы S3, пока не достигнет plot.default.

> getMethod(f='plot', signature=c(x='SpatialPolygons', y='missing'))
Method Definition:

function (x, y, ...) 
plot.SpatialPolygons(x, ...)
<environment: namespace:sp>

Signatures:
        x                 y        
target  "SpatialPolygons" "missing"
defined "SpatialPolygons" "missing"

И BTW Я вижу это в ответе от ?getMethods:

## Deprecated in 2010 and defunct in 2015 for \code{table = FALSE}:
getMethods(f, where, table = FALSE)

Ответ 2

Частичный ответ: метод sp:::plot.SpatialPolygons. Я не знаю, почему эти запятые появляются в результатах methods(plot); plot,SpatialPolygons,missing-method не имеет для меня никакого смысла (и я тоже вижу).

Я нашел ответ, вызвав ошибку. У меня нет файла формы, поэтому я взял пример из help("SpatialPolygonsDataFrame-class"), с которого я получил от ?SpatialPolygons". Пример ниже:

Sr1 = Polygon(cbind(c(2,4,4,1,2),c(2,3,5,4,2)))
Sr2 = Polygon(cbind(c(5,4,2,5),c(2,3,2,2)))
Sr3 = Polygon(cbind(c(4,4,5,10,4),c(5,3,2,5,5)))
Sr4 = Polygon(cbind(c(5,6,6,5,5),c(4,4,3,3,4)), hole = TRUE)
Srs1 = Polygons(list(Sr1), "s1")
Srs2 = Polygons(list(Sr2), "s2")
Srs3 = Polygons(list(Sr3, Sr4), "s3/4")
SpP = SpatialPolygons(list(Srs1,Srs2,Srs3), 1:3)
plot(SpP, col = 1:3, pbg="white")

Затем я изменил вызов сюжета, чтобы дать ошибку:

plot(SpP, col = kasjdhfkjasdfhkas, pbg = "white")
# Error in plot.SpatialPolygons(x, ...) : object 'kasjdhfkjasdfhkas' not found

(должен работать, если у вас нет kasjdhfkjasdfhkas, определенного в вашей рабочей области как вектор). Конечно,

sp:::plot.SpatialPolygons

показал код для метода.