Проектирование сложных зависимостей структуры данных

Я занимаюсь разработкой библиотеки конечных элементов. Для данной задачи используемая конечная ячейка может иметь элементы разного размера (например, тетраэдры и треугольники), а также возможность комбинирования различных элементов одного и того же размера (например, тетраэдры и гексаэдры). Поэтому мне нужна структура данных, в которой хранится информация о конечных элементах. Самая фундаментальная информация - это связь элементов (идентификаторы node, определяющие элемент). Например, мне нужно каким-то образом сохранить, что треугольный элемент 4 подключен к узлам 5, 6 и 10.

Моя первая попытка состояла в том, чтобы создать список, индекс которого является размером (0,1,2 или 3) и хранит словари. Эти словари имеют строковые ключи (идентификаторы), а значения - массивы numpy (каждая строка представляет собой элементную связность). Мне нужно сделать это, потому что массивы numpy для данного измерения имеют разные формы в зависимости от строковых идентификаторов.

Это класс:

import os
from collections import OrderedDict
import numpy.ma as ma

flatten = lambda l: [item for sublist in l for item in sublist]

class ElementData(list):

    def __init__(self, *args, **kwargs):

        self.reset()
        super(ElementData, self).__init__(*args, **kwargs)

    def __iter__(self):
        for k, v in self[self.idx].items():
            for i, e in enumerate(v):
                yield (k,i,e) if not ma.is_masked(e) else (k,i, None)
        self.reset()


    def __call__(self, idx):
        self.idx = idx-1
        return self

    def __getitem__(self, index):
        if index >= len(self):
            self.expand(index)
        return super(ElementData, self).__getitem__(index)

    def __setitem__(self, index, value):
        if index >= len(self):
            self.expand(index)
        list.__setitem__(self, index, value)

    def __str__(self):
        return "Element dimensions present: {}\n".format([i for i in range(len(self)) if self[i]]) + super(ElementData, self).__str__()

    def keys(self):
        return flatten([list(self[i].keys()) for i in range(len(self))])

    def reset(self):
        self.idx = -1
        self.d = -1

    def expand(self, index):
        self.d = max(index, self.d)
        for i in range(index + 1 - len(self)):
            self.append(OrderedDict())

    def strip(self, value=None):
        if not callable(value):
            saved_value, value = value, lambda k,v: saved_value
        return ElementData([OrderedDict({k:value(k, v) for k,v in i.items()}) for i in super(ElementData, self).__iter__()])


    def numElements(self, d):

        def elementsOfDimension(d):
            # loop over etypes
            nelems = 0
            for v in self[d].values():
                nelems += v.shape[0] if not isinstance(v, ma.MaskedArray) else v.shape[0] - v.mask.any(axis=1).sum()
            return nelems

        # compute the number of all elements
        if d == -1:
            nelems = 0
            for i in range(self.d+1):
                nelems += elementsOfDimension(i)
            return nelems
        else: # of specific dimension only
            return elementsOfDimension(d)

Класс работает хорошо, и он позволяет мне легко перемещаться по всем элементам определенного измерения. Однако есть и другие данные, связанные с каждым элементом, который хранится отдельно, например, его материал. Поэтому я решил использовать ту же структуру данных, что и другие свойства. С этой целью я использую функцию strip для класса, чтобы вернуть мне всю структуру без массивов numpy.

Проблема в том, что исходная структура данных является динамической, и если я ее изменю, я должен изменить любую другую структуру, которая зависит от нее. Я действительно думаю, что я пошел в неправильном направлении при разработке этого класса. Может быть, есть более простой способ подойти к этой проблеме? Я думал о сохранении дополнительной информации рядом с массивами numpy (например, как кортежи), но я не знаю, хорошо это или нет. Выбор, сделанный при разработке программного обеспечения, может действительно сделать нашу жизнь несчастной позже, и я начинаю понимать это сейчас.

UPDATE

Используя вышеприведенный класс, один пример может быть следующим:

Element dimensions present: [0, 1, 2]
[OrderedDict([('n1', array([[0],
       [1],
       [3]]))]), OrderedDict([('l2', array([[1, 2]]))]), OrderedDict([('q4', array([[0, 1, 5, 4],
       [5, 1, 2, 6],
       [6, 2, 3, 7],
       [7, 3, 0, 4],
       [4, 5, 6, 7]]))])]

где структура данных использовалась для хранения элементов размером 0 (node), 1 (строка) и 2 (четырехугольника).