Изменение порядка уклонения брусков в баржетах ggplot2

У меня есть dataframe df.all, и я рисую его на графике с ggplot2, используя приведенный ниже код. Я бы хотел сделать так, чтобы порядок уклоненных баров перевернулся. То есть, чтобы бары с надписью "Singular" попали в бары с надписью "Plural".

ggplot(df.all, aes(gram, V1, fill=number)) + 
    geom_bar(stat="identity", position="dodge") + 
    scale_x_discrete(labels=c("Grammatical","Ungrammatical")) +
    scale_y_continuous(formatter="percent", limits=c(0,1)) +
    facet_grid(. ~ experiment) + 
    scale_fill_hue("Attractor", breaks=c("S","P"), labels=c("Singular","Plural"))

Я пробовал сделать levels(df.all$number) = c("S", "P"), думая, что, возможно, ggplot использует порядок уровней для определения порядка построения, но это не сработало. Я не уверен, что еще попробовать. Любые идеи?

Содержимое df.all, если оно полезно:

> df.all
  number gram     experiment        V1
1      S    G BERIMBAU_AGR_A 0.8133333
2      S    G BERIMBAU_AGR_B 0.8658537
3      S    U BERIMBAU_AGR_A 0.5436242
4      S    U BERIMBAU_AGR_B 0.4597701
5      P    G BERIMBAU_AGR_A 0.8580645
6      P    G BERIMBAU_AGR_B 0.8536585
7      P    U BERIMBAU_AGR_A 0.3087248
8      P    U BERIMBAU_AGR_B 0.3975904

> str(df.all)
'data.frame':   8 obs. of  4 variables:
 $ number    : Factor w/ 2 levels "S","P": 2 2 2 2 1 1 1 1
  ..- attr(*, "scores")= num [1:2(1d)] 0 -1
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 1
  .. .. ..$ : chr  "P" "S"
 $ gram      : Factor w/ 2 levels "G","U": 1 1 2 2 1 1 2 2
 $ experiment: Factor w/ 4 levels "BERIMBAU_AGR_A",..: 1 4 1 4 1 4 1 4
 $ V1        : num  0.813 0.866 0.544 0.46 0.858 ...

Ответ 1

Хэдли предоставила решение. Здесь тиражирование проблемы и решение.

Цель состоит в том, чтобы столбцы, обозначенные буквой "S", располагались перед столбцами, обозначенными буквой "P". Это не происходит по умолчанию, потому что R упорядочивает уровни по алфавиту.

df <- read.csv("http://pealco.net/code/ggplot_dodge/df.txt")
ggplot(df, aes(gram, V1, fill=number))
    + geom_bar(stat="identity", position="dodge")

Как Хэдли прокомментировал в другом ответе, "вам нужно изменить порядок на основе переменных x, а не переменной y". Хотя я не уверен, почему это работает.

Чтобы изменить порядок факторов в этом примере, вы можете преобразовать коэффициент в числовое значение и умножить на -1.

df <- with(df, df[order(gram, -as.numeric(number)), ])

Я все еще хотел бы больше объяснения о том, почему df <- with(df, df[order(gram, -as.numeric(number)), ]) работает.

Ответ 2

Я думаю, что df.all$number должен быть упорядоченным. Попробуйте df.all$number <- ordered(df.all$number)

Ответ 3

В некоторых случаях я не думаю, что это возможно:

layerCake<-data.frame(group=c(rep("normal",4),rep("tumor",4)),
                      class=factor(rep(c("exon","intron","intergenic","unmapped"),2),levels=rev(c("exon","intron","intergenic","unmapped")),ordered=TRUE),
                      fraction=c(.02,.25,.50,.23,.015,.20,.555,.23)
)
layerCake[layerCake$group=='normal',"reads"]<-130948403*layerCake[layerCake$group=='normal',"fraction"]
layerCake[layerCake$group=='tumor',"reads"]<-200948403*layerCake[layerCake$group=='tumor',"fraction"]
g<-ggplot(layerCake, aes(x=factor(group),y=reads, fill=factor(class),order = as.numeric(class)))+xlab("Group")+scale_fill_discrete(name="Anno Class",breaks=c("exon","intron","intergenic","unmapped"))

правильный порядок в штабелированном:
д + geom_bar (стат = "идентичность", позиция = "стек" )

неправильный порядок в dodge:

g+geom_bar(stat="identity",position="dodge")

попробуйте изменить порядок в ggplot:

g<-ggplot(lc, aes(x=factor(group),y=reads, fill=factor(class),order = -as.numeric(class)))+xlab("Group")+scale_fill_discrete(name="Anno Class",breaks=c("exon","intron","intergenic","unmapped"))
g+geom_bar(stat="identity",position="dodge")

нет кубиков

попробуйте изменить порядок кадров данных

lc <- with(lc, lc[order(-as.numeric(class)), ])
g<-ggplot(lc, aes(x=factor(group),y=reads, fill=factor(class),order = -as.numeric(class)))+xlab("Group")+scale_fill_discrete(name="Anno Class",breaks=c("exon","intron","intergenic","unmapped"))
g+geom_bar(stat="identity",position="dodge")

Нету

Ответ 4

Изменение уровней факторов действительно изменяет порядок уклоненных баров! Обычная ловушка: цвета все еще остаются в определенном положении, поэтому быстрый взгляд заставляет его выглядеть как порядок не изменился. Но если вы посмотрите на значения, вы увидите, что порядок действительно изменился.

Изменить: Мой предыдущий ответ ниже меняет порядок цветовой схемы, заданный для баров. Это по-прежнему полезно, так как часто может потребоваться изменить цветовую схему одновременно с изменением порядка строк:

Я использовал scale_fill_manual, потому что я хотел вручную заполнить цвета своих баров.

ggplot(data, aes_string(x = "countries", y = "population", fill = "agegroups")) +
scale_fill_manual(values = CustomColorFunction(), limits = (levels(data$agegroups)))

Отработал 5 часов, переделывая с меняющимися уровнями факторов и устраивая фреймворк, который помогает кому-то!