Проверка совместимости при компиляции типов расширений и использование их с помощью cdef

Постоянный вопрос:

Почему другие ошибки в компиляции Cython указывают на конкретную строку ошибки, а это не так?

До обновления:

Из-за трудности с компиляцией типов расширений, как указано в ссылке "не компилировать" ниже, считалось, что AssertionError был связан с типами расширений (после того как их экземпляр был перенесен в основной файл pyx).

Кто-то из этого сообщение в форуме сказал, что "Если вы действительно хотите типы расширений и хотите объявить их типы в своем коде, вам нужно для объявления своих атрибутов C в файле .pxd."

Если это так, в этом случае проблема заключается в том, что файлы pyx не будут компилироваться для меня при использовании файлов pxd. При компиляции типа расширения в одном файле pyx нет ошибки, но затем я получаю сообщение об ошибке extTypeName is not a type identifier, когда тип расширения используется после его импорта.

Мне сообщили в комментариях, что типы расширений могут быть определены в файле pyx с основной функцией, использующей их. При этом я получаю сообщение об ошибке, которое я не знаю, как отслеживать (AssertionError: unexpected type int and base type tuple object for indexing). Полная трассировка размещена ниже.

Трудно отслеживать ошибку

Отслеживание при попытке скомпилировать с типами расширений, объявленными в том же файле pyx (что Im не уверен, является источником проблемы):

Traceback (most recent call last):
  File "setup.py", line 37, in <module>
    ext_modules = [Extension("HintToCRdict", ["HintToCRdict.pyx"])]
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/distutils/core.py", line 151, in setup
    dist.run_commands()
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/distutils/dist.py", line 953, in run_commands
    self.run_command(cmd)
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/distutils/dist.py", line 972, in run_command
    cmd_obj.run()
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Distutils/build_ext.py", line 164, in run
    _build_ext.build_ext.run(self)
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/distutils/command/build_ext.py", line 337, in run
    self.build_extensions()
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Distutils/build_ext.py", line 171, in build_extensions
    ext.sources = self.cython_sources(ext.sources, ext)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Distutils/build_ext.py", line 324, in cython_sources
    full_module_name=module_name)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Main.py", line 688, in compile
    return compile_single(source, options, full_module_name)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Main.py", line 638, in compile_single
    return run_pipeline(source, options, full_module_name)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Main.py", line 495, in run_pipeline
    err, enddata = Pipeline.run_pipeline(pipeline, source)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Pipeline.py", line 365, in run_pipeline
    data = phase(data)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Pipeline.py", line 53, in generate_pyx_code_stage
    module_node.process_implementation(options, result)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/ModuleNode.py", line 131, in process_implementation
    self.generate_c_code(env, options, result)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/ModuleNode.py", line 359, in generate_c_code
    self.body.generate_function_definitions(env, code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Nodes.py", line 435, in generate_function_definitions
    stat.generate_function_definitions(env, code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Nodes.py", line 1944, in generate_function_definitions
    self.generate_function_body(env, code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Nodes.py", line 1698, in generate_function_body
    self.body.generate_execution_code(code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Nodes.py", line 441, in generate_execution_code
    stat.generate_execution_code(code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Nodes.py", line 441, in generate_execution_code
    stat.generate_execution_code(code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Nodes.py", line 5851, in generate_execution_code
    if_clause.generate_execution_code(code, end_label, is_last=i == last)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Nodes.py", line 5894, in generate_execution_code
    self.body.generate_execution_code(code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Nodes.py", line 441, in generate_execution_code
    stat.generate_execution_code(code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/UtilNodes.py", line 321, in generate_execution_code
    self.body.generate_execution_code(code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Nodes.py", line 6402, in generate_execution_code
    self.body.generate_execution_code(code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Nodes.py", line 441, in generate_execution_code
    stat.generate_execution_code(code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/UtilNodes.py", line 321, in generate_execution_code
    self.body.generate_execution_code(code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Nodes.py", line 6402, in generate_execution_code
    self.body.generate_execution_code(code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Nodes.py", line 441, in generate_execution_code
    stat.generate_execution_code(code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Nodes.py", line 5851, in generate_execution_code
    if_clause.generate_execution_code(code, end_label, is_last=i == last)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Nodes.py", line 5894, in generate_execution_code
    self.body.generate_execution_code(code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Nodes.py", line 441, in generate_execution_code
    stat.generate_execution_code(code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/UtilNodes.py", line 89, in generate_execution_code
    self.body.generate_execution_code(code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Nodes.py", line 441, in generate_execution_code
    stat.generate_execution_code(code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Nodes.py", line 6015, in generate_execution_code
    self.body.generate_execution_code(code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Nodes.py", line 441, in generate_execution_code
    stat.generate_execution_code(code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Nodes.py", line 6192, in generate_execution_code
    self.body.generate_execution_code(code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Nodes.py", line 441, in generate_execution_code
    stat.generate_execution_code(code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Nodes.py", line 4786, in generate_execution_code
    self.generate_rhs_evaluation_code(code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/Nodes.py", line 5073, in generate_rhs_evaluation_code
    self.rhs.generate_evaluation_code(code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/ExprNodes.py", line 699, in generate_evaluation_code
    self.generate_subexpr_evaluation_code(code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/ExprNodes.py", line 714, in generate_subexpr_evaluation_code
    node.generate_evaluation_code(code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/ExprNodes.py", line 699, in generate_evaluation_code
    self.generate_subexpr_evaluation_code(code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/ExprNodes.py", line 714, in generate_subexpr_evaluation_code
    node.generate_evaluation_code(code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/ExprNodes.py", line 705, in generate_evaluation_code
    self.generate_result_code(code)
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/Cython/Compiler/ExprNodes.py", line 3737, in generate_result_code
    self.type, self.base.type)
AssertionError: unexpected type int and base type tuple object for indexing

Ответ 1

Ответ с тем, что я могу извлечь из вашего сообщения.

Использование объектов Python в Cython возможно, но ограничено, как только вы cdef некоторые части. Попробуйте "un" -cdefing dict.
У вас есть предположение, что у вас есть выражение x[y], где x - это кортеж, а y - int. В принципе, он должен работать нормально (индексирование кортежа с int shoud должно быть в порядке). Таким образом, вы можете посмотреть квадратные скобки в Cython, чтобы узнать, откуда он.
Вы упомянули удаление файла pxd. Переместили ли вы полное объявление определения класса расширения/другого типа в файл pyx?

Ответ 2

Типы расширений не были проблемой при компиляции (по крайней мере, когда объявлено в том же файле pyx, что и главная функция cdef); Ошибка возникает в другом месте.

Решенный

AssertionError был вызван простым доступом индекса к этому кортежу.

Если кортеж был объявлен как:

cdef:
    tuple curIRs

... и установить в вложенных циклах как:

for deriv1 in xrange(len(L1)):
    for deriv2 in xrange(len(L2)):
        curIRs = (deriv2, deriv1)

... и доступны индексы кортежей:

d1[ix] = (curIRs[0], curIRs[1])

Это был, по-видимому, безобидный надзор, что curIRs не просто сохранялся, а фактически копировал его с помощью доступа по индексу. Однако здесь произошла ошибка по неизвестной причине:

Когда (curIRs [0], curIRs [1]) заменяется на curIR, AssertionError прекращается.

Как указано в комментариях, основная функция в файле pyx не может быть определена с помощью cdef, поскольку она вызывается в python script.

Предложение Пьера де Буила в комментариях было очень полезно: "удалить объявления cdef потенциальных переменных задачи до тех пор, пока ошибка не будет решена". то есть, где, вероятно, нет ошибки в Python, несовместимость может быть обнаружена в Cython