Согласно http://docs.oracle.com/javafx/2/deployment/self-contained-packaging.htm:
Чтобы добавить пользовательский интерфейс в пакет MSI, вы можете настроить файл шаблона WiX, используемый JavaFX Упаковщик с использованием техники из 6.2.4. Подробнее см. В документации по WiX.
Предполагая, что я выясню, как создать пользовательский файл шаблона, как передать его в плагин JavaFX Maven?
Когда собственный пакет создается с помощью javafx-maven-plugin (2.0), мы должны упомянуть значок для приложения в main/deploy/package/windows/demo.ico, тогда значок, присутствующий в каталоге развертывания, добавленном в classpath вроде этого, если шаблон wix добавлен в каталог развертывания, тогда возможно, что шаблон wix доступен в пути к классам.
Тогда этот wix script может использоваться javafxpackager, как иконка. Использование javafx-плагина использует javafxpackager внутри.