"Домены" на docker-compose.yml имеют тот же эффект, что и EXPOSE на Dockerfile?

Ответ 1

Нет: EXPOSE только открывает порт в контейнере, делая его доступным для других контейнеров.

"3306:3306" опубликует порт на хосте, делая тот же порт доступным с хоста.

Смотрите Dockerfile EXPOSE:

Инструкция EXPOSE информирует Docker о том, что контейнер прослушивает указанные сетевые порты во время выполнения.
EXPOSE не делает порты контейнера доступными для хоста. Для этого вы должны использовать флаг -p для публикации диапазона портов.

Именно этим и занимается секция docker-compose.yml ports. Он отображает порт контейнера на хост.