set -xU CFLAGS "-g" установит универсальную переменную, которая будет сохраняться в сеансах. Поэтому это значение переменной должно храниться в файловой системе где-то. Где именно?
Я хотел бы поместить этот файл под контроль версии (git) в мой ~/dotfiles/.
Начиная с fish версии 3.0.0 файл находится в более портативном месте
.config/fish/fish_variables- Джои Сабей
в ~/.config/fish/fishd.(hostname)
Поскольку это зависит от хоста, я бы рекомендовал вам поместить настройки, которыми вы хотите поделиться, в ~/.config/fish/config.fish