Дискретная легенда на морском участке тепловой карты

Ответ 1

Ну, там определенно более одного способа добиться этого. В этом случае, только с тремя цветами, я бы сам выбрал цвета, создав LinearSegmentedColormap вместо генерации с помощью cubehelix_palette. Если бы было достаточно цветов, чтобы гарантировать использование cubehelix_palette, я бы определил сегменты в цветовой палитре, используя параметр boundaries параметра cbar_kws. В любом случае, тики можно указать вручную с помощью set_ticks и set_ticklabels.

Следующий пример кода демонстрирует ручное создание LinearSegmentedColormap и включает комментарии о том, как указать границы, если вместо этого использовать cubehelix_palette.

import matplotlib.pyplot as plt
import pandas
import seaborn.apionly as sns
from matplotlib.colors import LinearSegmentedColormap

sns.set(font_scale=0.8)
dataFrame = pandas.read_csv('LUH2_trans_matrix.csv').set_index(['Unnamed: 0'])

# For only three colors, it easier to choose them yourself.
# If you still really want to generate a colormap with cubehelix_palette instead,
# add a cbar_kws={"boundaries": linspace(-1, 1, 4)} to the heatmap invocation
# to have it generate a discrete colorbar instead of a continous one.
myColors = ((0.8, 0.0, 0.0, 1.0), (0.0, 0.8, 0.0, 1.0), (0.0, 0.0, 0.8, 1.0))
cmap = LinearSegmentedColormap.from_list('Custom', myColors, len(myColors))

ax = sns.heatmap(dataFrame, cmap=cmap, linewidths=.5, linecolor='lightgray')

# Manually specify colorbar labelling after it been generated
colorbar = ax.collections[0].colorbar
colorbar.set_ticks([-0.667, 0, 0.667])
colorbar.set_ticklabels(['B', 'A', 'C'])

# X - Y axis labels
ax.set_ylabel('FROM')
ax.set_xlabel('TO')

# Only y-axis labels need their rotation set, x-axis labels already have a rotation of 0
_, labels = plt.yticks()
plt.setp(labels, rotation=0)

plt.show()

Ответ 2

Я считаю, что дискретизированную цветовую панель в seaborn гораздо проще создать, если вы используете ListedColormap. Там нет необходимости определять свои собственные функции, просто добавьте несколько строк, чтобы в основном настроить ваши оси.

import pandas
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
from matplotlib.colors import ListedColormap


# Read in csv file
df_trans = pandas.read_csv('LUH2_trans_matrix.csv')

sns.set(font_scale=0.8)
# cmap is now a list of colors
cmap = sns.cubehelix_palette(start=2.8, rot=.1, light=0.9, n_colors=3)
df_trans = df_trans.set_index(['Unnamed: 0'])

# Create two appropriately sized subplots
grid_kws = {'width_ratios': (0.9, 0.03), 'wspace': 0.18}
fig, (ax, cbar_ax) = plt.subplots(1, 2, gridspec_kw=grid_kws)

ax = sns.heatmap(df_trans, ax=ax, cbar_ax=cbar_ax, cmap=ListedColormap(cmap),
                 linewidths=.5, linecolor='lightgray',
                 cbar_kws={'orientation': 'vertical'})

# Customize tick marks and positions
cbar_ax.set_yticklabels(['B', 'A', 'C'])
cbar_ax.yaxis.set_ticks([ 0.16666667, 0.5, 0.83333333])


# X - Y axis labels
ax.set_ylabel('FROM')
ax.set_xlabel('TO')

# Rotate tick labels
locs, labels = plt.xticks()
plt.setp(labels, rotation=0)
locs, labels = plt.yticks()
plt.setp(labels, rotation=0)

Ответ 3

Ссылка, предоставленная @Fabio Lamanna, - отличное начало.

Оттуда вы все равно хотите установить ярлыки цветовой маркировки в правильном месте и использовать метки меток, соответствующие вашим данным.

Предполагая, что у вас одинаковые интервалы в ваших данных, это создает приятную дискретную цветовую панель:

В основном, это сводится к отключению цветовой гаммы и ее замене дискретизированной цветной панелью.

import pandas
import seaborn.apionly as sns
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import matplotlib

def cmap_discretize(cmap, N):
    """Return a discrete colormap from the continuous colormap cmap.

        cmap: colormap instance, eg. cm.jet. 
        N: number of colors.

    Example
        x = resize(arange(100), (5,100))
        djet = cmap_discretize(cm.jet, 5)
        imshow(x, cmap=djet)
    """

    if type(cmap) == str:
        cmap = plt.get_cmap(cmap)
    colors_i = np.concatenate((np.linspace(0, 1., N), (0.,0.,0.,0.)))
    colors_rgba = cmap(colors_i)
    indices = np.linspace(0, 1., N+1)
    cdict = {}
    for ki,key in enumerate(('red','green','blue')):
        cdict[key] = [ (indices[i], colors_rgba[i-1,ki], colors_rgba[i,ki]) for i in xrange(N+1) ]
    # Return colormap object.
    return matplotlib.colors.LinearSegmentedColormap(cmap.name + "_%d"%N, cdict, 1024)

def colorbar_index(ncolors, cmap, data):

    """Put the colorbar labels in the correct positions
        using uique levels of data as tickLabels
    """

    cmap = cmap_discretize(cmap, ncolors)
    mappable = matplotlib.cm.ScalarMappable(cmap=cmap)
    mappable.set_array([])
    mappable.set_clim(-0.5, ncolors+0.5)
    colorbar = plt.colorbar(mappable)
    colorbar.set_ticks(np.linspace(0, ncolors, ncolors))
    colorbar.set_ticklabels(np.unique(data))


# Read in csv file
df_trans = pandas.read_csv('d:/LUH2_trans_matrix.csv')

sns.set(font_scale=0.8)
cmap = sns.cubehelix_palette(n_colors=3,start=2.8, rot=.1, light=0.9, as_cmap=True)
cmap.set_under('gray')  # 0 values in activity matrix are shown in gray (inactive transitions)
df_trans = df_trans.set_index(['Unnamed: 0'])

N = df_trans.max().max() - df_trans.min().min() + 1

f, ax = plt.subplots()
ax = sns.heatmap(df_trans, cmap=cmap, linewidths=.5, linecolor='lightgray',cbar=False)
colorbar_index(ncolors=N, cmap=cmap,data=df_trans)    

# X - Y axis labels
ax.set_ylabel('FROM')
ax.set_xlabel('TO')

# Rotate tick labels
locs, labels = plt.xticks()
plt.setp(labels, rotation=0)
locs, labels = plt.yticks()
plt.setp(labels, rotation=0)

# revert matplotlib params
sns.reset_orig()

бит и куски, переработанные и адаптированные из здесь и здесь

Ответ 4

Здесь простое решение, основанное на других ответах, которое обобщает за пределы трех категорий и использует dict (vmap) для определения меток.

import seaborn as sns
import numpy as np

# This just makes some sample 2D data and a corresponding vmap dict with labels for the values in the data
data = [[1, 2, 3], [4, 5, 6], [7, 8, 9]]
vmap = {i: chr(65 + i) for i in range(len(np.ravel(data)))}
n = len(vmap)

print(vmap)

cmap = sns.color_palette("deep", n)
ax = sns.heatmap(data, cmap=cmap)

# Get the colorbar object from the Seaborn heatmap
colorbar = ax.collections[0].colorbar
# The list comprehension calculates the positions to place the labels to be evenly distributed across the colorbar
r = colorbar.vmax - colorbar.vmin
colorbar.set_ticks([colorbar.vmin + 0.5 * r / (n) + r * i / (n) for i in range(n)])
colorbar.set_ticklabels(list(vmap.values()))