Этот последний параметр влияет именно на то, о чем вы говорите. Установите для AllDirectories значение AllDirectories для каждого файла, в том числе во вложенных папках, и установите его TopDirectoryOnly, если вы хотите выполнять поиск только в каталоге, а не вложенных папках.
Вы можете взглянуть на эту страницу, показывая Deep Folder Copy, она использует рекурсивные средства для итерации файлов и имеет некоторые действительно полезные советы, такие как методы фильтрации и т.д.
Возможно, вы можете попробовать эту функцию с небольшими изменениями;
public function RecursiveFiles(FolderPath)
Dim folder As DirectoryInfo = New DirectoryInfo(FolderPath )
Dim Subfolders() As DirectoryInfo = folder .GetDirectories()
Dim strFiles() As FileInfo = myfolder.GetFiles()
For Each myItem As DirectoryInfo In mySubfolders
RecursiveFiles(myItem.FullName)
Next
end function
Здесь - это фактический код. Попробуйте с некоторыми изменениями.