В MySQL нет способа указать механизм хранения для определенной базы данных, только для отдельных таблиц. Однако вы можете указать механизм хранения, который будет использоваться в течение одного сеанса, с помощью:
SET storage_engine=InnoDB;
Поэтому вам не нужно указывать его для каждой таблицы.
Как подтвердить, действительно ли все таблицы используют InnoDB?
Если вы используете SHOW CREATE TABLE, вам нужно разобрать двигатель из запроса.
Выбор из базы данных INFORMATION_SCHEMA - плохая практика, так как разработчики оставляют за собой право изменять свою схему в любое время (хотя это маловероятно).
Правильный запрос для использования - ПОКАЗАТЬ СТАТУС ТАБЛИЦЫ - вы можете получить информацию обо всех таблицах в базе данных
SHOW TABLE STATUS FROM `database`;
Или для конкретной таблицы:
SHOW TABLE STATUS FROM `database` LIKE 'tablename';
Один из столбцов, которые вы получите, это Engine.
SELECT * FROM INFORMATION_SCHEMA.TABLES
WHERE TABLE_SCHEMA = 'db name' AND ENGINE != 'InnoDB'
show create table <table> должен сделать трюк.