Как я могу поместить многомерный массив numpy в файл HDF5 с помощью PyTables?
Из того, что я могу сказать, я не могу поместить поле массива в таблицу pytables.
Мне также нужно сохранить некоторую информацию об этом массиве и выполнить математические вычисления на нем.
Любые предложения?
Там может быть более простой способ, но это то, как вы будете делать это, насколько я знаю:
import numpy as np
import tables
# Generate some data
x = np.random.random((100,100,100))
# Store "x" in a chunked array...
f = tables.open_file('test.hdf', 'w')
atom = tables.Atom.from_dtype(x.dtype)
ds = f.createCArray(f.root, 'somename', atom, x.shape)
ds[:] = x
f.close()
Если вы хотите указать используемое сжатие, взгляните на tables.Filters. tables.Filters. Например
import numpy as np
import tables
# Generate some data
x = np.random.random((100,100,100))
# Store "x" in a chunked array with level 5 BLOSC compression...
f = tables.open_file('test.hdf', 'w')
atom = tables.Atom.from_dtype(x.dtype)
filters = tables.Filters(complib='blosc', complevel=5)
ds = f.createCArray(f.root, 'somename', atom, x.shape, filters=filters)
ds[:] = x
f.close()
Вероятно, существует более простой способ для многих из них... Я давно не использовал pytables для чего-либо, кроме табличных данных.
Примечание: в pytables 3.0 f.createCArray был переименован в f.create_carray. Он также может принимать массив напрямую, без указания atom,
f.create_carray('/', 'somename', obj=x, filters=filters)