Подтвердить что ты не робот

Matplotlib исчерпывает память при построении графика в цикле

У меня довольно простая процедура построения графика, которая выглядит так:

from __future__ import division
import datetime
import matplotlib
matplotlib.use('Agg')
from matplotlib.pyplot import figure, plot, show, legend, close, savefig, rcParams
import numpy
from globalconstants import *

    def plotColumns(columnNumbers, t, out, showFig=False, filenamePrefix=None, saveFig=True, saveThumb=True):
        lineProps = ['b', 'r', 'g', 'c', 'm', 'y', 'k', 'b--', 'r--', 'g--', 'c--', 'm--', 'y--', 'k--', 'g--', 'b.-', 'r.-', 'g.-', 'c.-', 'm.-', 'y.-', 'k.-']

        rcParams['figure.figsize'] = (13,11)
        for i in columnNumbers:
            plot(t, out[:,i], lineProps[i])

        legendStrings = list(numpy.zeros(NUMCOMPONENTS)) 
        legendStrings[GLUCOSE] = 'GLUCOSE'
        legendStrings[CELLULOSE] = 'CELLULOSE'
        legendStrings[STARCH] = 'STARCH'
        legendStrings[ACETATE] = 'ACETATE'
        legendStrings[BUTYRATE] = 'BUTYRATE'
        legendStrings[SUCCINATE] = 'SUCCINATE'
        legendStrings[HYDROGEN] = 'HYDROGEN'
        legendStrings[PROPIONATE] = 'PROPIONATE'
        legendStrings[METHANE] = "METHANE"

        legendStrings[RUMINOCOCCUS] = 'RUMINOCOCCUS'
        legendStrings[METHANOBACTERIUM] = "METHANOBACTERIUM"
        legendStrings[BACTEROIDES] = 'BACTEROIDES'
        legendStrings[SELENOMONAS] = 'SELENOMONAS'
        legendStrings[CLOSTRIDIUM] = 'CLOSTRIDIUM'

        legendStrings = [legendStrings[i] for i in columnNumbers]
        legend(legendStrings, loc='best')

        dt = datetime.datetime.now()
        dtAsString = dt.strftime('%d-%m-%Y_%H-%M-%S')

        if filenamePrefix is None:
            filenamePrefix = ''

        if filenamePrefix != '' and filenamePrefix[-1] != '_':
            filenamePrefix += '_'

        if saveFig: 
            savefig(filenamePrefix+dtAsString+'.eps')

        if saveThumb:
            savefig(filenamePrefix+dtAsString+'.png', dpi=300)


        if showFig: f.show()

        close('all')

Когда я рисую это в одиночных итерациях, он отлично работает. Однако, как только я положил его в петлю, matplotlib выбрасывает шип...

Traceback (most recent call last):
  File "c4hm_param_variation_h2_conc.py", line 148, in <module>
    plotColumns(columnNumbers, timeVector, out, showFig=False, filenamePrefix='c
4hm_param_variation_h2_conc_'+str(hydrogen_conc), saveFig=False, saveThumb=True)

  File "D:\phdproject\alexander paper\python\v3\plotcolumns.py", line 48, in plo
tColumns
    savefig(filenamePrefix+dtAsString+'.png', dpi=300)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\pyplot.py", line 356, in savefi
g
    return fig.savefig(*args, **kwargs)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\figure.py", line 1032, in savef
ig
    self.canvas.print_figure(*args, **kwargs)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\backend_bases.py", line 1476, i
n print_figure
    **kwargs)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\backends\backend_agg.py", line
358, in print_png
    FigureCanvasAgg.draw(self)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\backends\backend_agg.py", line
314, in draw
    self.figure.draw(self.renderer)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\artist.py", line 46, in draw_wr
apper
    draw(artist, renderer, *kl)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\figure.py", line 773, in draw
    for a in self.axes: a.draw(renderer)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\artist.py", line 46, in draw_wr
apper
    draw(artist, renderer, *kl)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\axes.py", line 1735, in draw
    a.draw(renderer)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\artist.py", line 46, in draw_wr
apper
    draw(artist, renderer, *kl)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\legend.py", line 374, in draw
    bbox = self._legend_box.get_window_extent(renderer)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\offsetbox.py", line 209, in get
_window_extent
    px, py = self.get_offset(w, h, xd, yd)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\offsetbox.py", line 162, in get
_offset
    return self._offset(width, height, xdescent, ydescent)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\legend.py", line 360, in findof
fset
    return _findoffset(width, height, xdescent, ydescent, renderer)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\legend.py", line 325, in _findo
ffset_best
    ox, oy = self._find_best_position(width, height, renderer)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\legend.py", line 817, in _find_
best_position
    verts, bboxes, lines = self._auto_legend_data()
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\legend.py", line 669, in _auto_
legend_data
    tpath = trans.transform_path(path)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\transforms.py", line 1911, in t
ransform_path
    self._a.transform_path(path))
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\transforms.py", line 1122, in t
ransform_path
    return Path(self.transform(path.vertices), path.codes,
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\transforms.py", line 1402, in t
ransform
    return affine_transform(points, mtx)
MemoryError: Could not allocate memory for path

Это происходит на итерации 2 (считая от 1), если это имеет значение. Код работает в 32-разрядной версии Windows XP с python 2.5 и matplotlib 0.99.1, numpy 1.3.0 и scipy 0.7.1.

EDIT: Код теперь обновлен, чтобы отразить тот факт, что авария на самом деле происходит при вызове legend(). Комментируя этот вызов, решает проблему, хотя, очевидно, мне все равно хотелось бы разместить легенду на моих графиках...

4b9b3361

ОТВЕТЫ

Ответ 1

Предполагается ли каждая петля генерировать новую цифру? Я не вижу, чтобы вы закрывали его или создавали новый экземпляр фигуры из цикла в цикл.

Этот вызов очистит текущую цифру после сохранения в конце цикла:

pyplot.clf()

Я бы рефакторинг, и сделаю ваш код более OO и создадим новый экземпляр фигуры в каждом цикле:

from matplotlib import pyplot

while True:
  fig = pyplot.figure()
  ax = fig.add_subplot(111)
  ax.plot(x,y)
  ax.legend(legendStrings, loc = 'best')
  fig.savefig('himom.png')
  # etc....

Ответ 2

Я также столкнулся с этой ошибкой. что, по-видимому, исправлено.

while True:
    fig = pyplot.figure()
    ax = fig.add_subplot(111)
    ax.plot(x,y)
    ax.legend(legendStrings, loc = 'best')
    fig.savefig('himom.png')
    #new bit here
    pylab.close(fig) #where f is the figure

Теперь моя петля стабильно работает с флуктуирующей памятью, но нет постоянного увеличения

Ответ 3

Ответ от ninjasmith тоже работал на меня - pyplot.close() позволил моим циклам работать.

Из учебника pyplot Работа с несколькими фигурами и осями:

Вы можете очистить текущую цифру с помощью clf() и текущей оси с cla(). Если вы обнаружите это состояние, раздражающее, не отчаяние, это всего лишь тонкая обертка для объекта вокруг объекта ориентированный API, который вы можете использовать вместо этого (см. Руководство для художников)

Если вы делаете длинную последовательность цифр, вам нужно знать еще одна вещь: память, требуемая для фигуры, не полностью до тех пор, пока фигура не будет явно закрыта с помощью close(). Удаление все ссылки на фигуру и/или использование диспетчера окон для уничтожения окно, в котором фигура появляется на экране, недостаточно, потому что pyplot поддерживает внутренние ссылки до тех пор, пока не вызывается close().