Если вы не можете найти процесс блокировки таблицы (потому что он мертв), это может быть поток, все еще очищающийся, как этот
раздел TRANSACTION
show engine innodb status;
в конце
---TRANSACTION 1135701157, ACTIVE 6768 sec
MySQL thread id 5208136, OS thread handle 0x7f2982e91700, query id 882213399 xxxIPxxx 82.235.36.49 my_user cleaning up