Подтвердить что ты не робот

Адресация x и y в aes по переменному числу

Мне нужно нарисовать диаграмму рассеяния с переменными адресации по номерам столбцов вместо имен, т.е. вместо ggplot(dat, aes(x=Var1, y=Var2)) Мне нужно что-то вроде ggplot(dat, aes(x=dat[,1], y=dat[,2])). (Я говорю "что-то", потому что последнее не работает).

Вот мой код:

showplot1<-function(indata, inx, iny){
  dat<-indata
  print(nrow(dat)); # this is just to show that object 'dat' is defined
  p <- ggplot(dat, aes(x=dat[,inx], y=dat[,iny]))
  p + geom_point(size=4, alpha = 0.5)
}

testdata<-data.frame(v1=rnorm(100), v2=rnorm(100), v3=rnorm(100), v4=rnorm(100), v5=rnorm(100))
showplot1(indata=testdata, inx=2, iny=3)

# Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'dat' not found
4b9b3361

ОТВЕТЫ

Ответ 1

Вариант ответа @Shadow с использованием новых функций из ggplot2 V3.0.0:

showplot <- function(indata, inx, iny){
  nms <- names(indata)
  x <- nms[inx]
  y <- nms[iny]
  p <- ggplot(indata, aes(x = !!ensym(x), y = !!ensym(y)))
  p + geom_point(size=4, alpha = 0.5)
}   

testdata <- data.frame(v1=rnorm(100), v2=rnorm(100), v3=rnorm(100), v4=rnorm(100), v5=rnorm(100))
names(testdata) <- c("a-b", "c-d", "e-f", "g-h", "i-j")
showplot(indata=testdata, inx=2, iny=3)

ensym создает символ из строки, содержащейся в переменной (поэтому сначала мы должны создать эти переменные в начале функции), затем !! заключает в кавычки его, что означает, что он будет работать так, как если бы вы указали необработанные имена функций.

!! работает только в контексте функций, предназначенных для его поддержки, обычно это функции tidyverse, иначе это просто означает "нет" (аналогично as.logical)..

Ответ 2

Ваша проблема в том, что aes не знает вашу функциональную среду, и она выглядит только внутри global environment. Таким образом, переменная dat, объявленная внутри функции, не видна функции ggplot2 aes, если вы не передадите ее явно:

showplot1<-function(indata, inx, iny) {
    dat <- indata
    p <- ggplot(dat, aes(x=dat[,inx], y=dat[,iny]), environment = environment())
    p <- p + geom_point(size=4, alpha = 0.5)
    print(p)
}

Обратите внимание на аргумент environment = environment() внутри команды ggplot(). Теперь он должен работать.

Ответ 3

Try:

showplot1 <- function(indata, inx, iny) {
    x <- names(indata)[inx] 
    y <- names(indata)[iny] 
    p <- ggplot(indata, aes_string(x = x, y = y))
    p + geom_point(size=4, alpha = 0.5)
}

Отредактировано, чтобы показать, что происходит. - aes_string использует цитируемые аргументы, имена получают их с помощью ваших чисел.

Ответ 4

Я настоятельно рекомендую использовать aes_q вместо передачи векторов в aes (@Arun answer). Это может выглядеть немного сложнее, но оно более гибко, когда, например, обновление данных.

showplot1 <- function(indata, inx, iny){
  p <- ggplot(indata, 
              aes_q(x = as.name(names(indata)[inx]), 
                    y = as.name(names(indata)[iny])))
  p + geom_point(size=4, alpha = 0.5)
}

И вот причина, почему это предпочтительнее:

# test data (using non-standard names)
testdata<-data.frame(v1=rnorm(100), v2=rnorm(100), v3=rnorm(100), v4=rnorm(100), v5=rnorm(100))
names(testdata) <- c("a-b", "c-d", "e-f", "g-h", "i-j")
testdata2 <- data.frame(v1=rnorm(100), v2=rnorm(100), v3=rnorm(100), v4=rnorm(100), v5=rnorm(100))
names(testdata2) <- c("a-b", "c-d", "e-f", "g-h", "i-j")

# works
showplot1(indata=testdata, inx=2, iny=3)
# this update works in the aes_q version
showplot1(indata=testdata, inx=2, iny=3) %+% testdata2

Примечание.. По состоянию на ggplot2 v2.0.0 aes_q() был заменен на aes_(), чтобы он соответствовал SE-версиям функций NSE в других пакетах.

Ответ 5

Для полноты я думаю, что безопаснее использовать имена столбцов вместо индексов, потому что позиции столбцов внутри фрейма данных могут быть изменены, что приведет к неожиданным результатам.

Функция plot_duo ниже (взято из этого ответа), может использовать ввод либо в виде строк, либо в виде имен столбцов

library(rlang)
library(purrr)
library(dplyr)
library(ggplot2)

theme_set(theme_classic(base_size = 14))
set.seed(123456)
testdata <- data.frame(v1 = rnorm(100), v2 = rnorm(100), v3 = rnorm(100), 
                       v4 = rnorm(100), v5 = rnorm(100))

plot_duo <- function(df, plot_var_x, plot_var_y) {

  # check if input is character or bare column name to 
  # use ensym() or enquo() accordingly
  if (is.character(plot_var_x)) {
    print('character column names supplied, use ensym()')
    plot_var_x <- ensym(plot_var_x)
  } else {
    print('bare column names supplied, use enquo()')
    plot_var_x <- enquo(plot_var_x)
  }

  if (is.character(plot_var_y)) {
    plot_var_y <- ensym(plot_var_y)
  } else {
    plot_var_y <- enquo(plot_var_y)
  }

  # unquote the variables using !! (bang bang) so ggplot can evaluate them
  pts_plt <- ggplot(df, aes(x = !! plot_var_x, y = !! plot_var_y)) + 
    geom_point(size = 4, alpha = 0.5)

  return(pts_plt)
}

Примените функцию plot_duo столбцам, используя purrr::map()

### use character column names
plot_vars1 <- names(testdata)
plt1 <- plot_vars1 %>% purrr::map(., ~ plot_duo(testdata, .x, "v1"))
#> [1] "character column names supplied, use ensym()"
#> [1] "character column names supplied, use ensym()"
#> [1] "character column names supplied, use ensym()"
#> [1] "character column names supplied, use ensym()"
#> [1] "character column names supplied, use ensym()"

str(plt1, max.level = 1)
#> List of 5
#>  $ :List of 9
#>   ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "gg" "ggplot"
#>  $ :List of 9
#>   ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "gg" "ggplot"
#>  $ :List of 9
#>   ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "gg" "ggplot"
#>  $ :List of 9
#>   ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "gg" "ggplot"
#>  $ :List of 9
#>   ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "gg" "ggplot"

# test plot
plt1[[3]]


### use bare column names
# Ref: https://stackoverflow.com/a/49834499/
plot_vars2 <- rlang::exprs(v2, v3, v4)
plt2 <- plot_vars2 %>% purrr::map(., ~ plot_duo(testdata, .x, rlang::expr(v1)))
#> [1] "bare column names supplied, use enquo()"
#> [1] "bare column names supplied, use enquo()"
#> [1] "bare column names supplied, use enquo()"

str(plt2, max.level = 1)
#> List of 3
#>  $ :List of 9
#>   ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "gg" "ggplot"
#>  $ :List of 9
#>   ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "gg" "ggplot"
#>  $ :List of 9
#>   ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "gg" "ggplot"

plt1[[2]]

Создано 2019-02-18 пакетом представлением (v0.2.1.9000)

Ответ 6

временное решение, которое я нашел на данный момент:

showplot1<-function(indata, inx, iny){
  dat<-data.frame(myX=indata[,inx], myY=indata[,iny])
  print(nrow(dat)); # this is just to show that object 'dat' is defined
  p <- ggplot(dat, aes(x=myX, y=myY))
  p + geom_point(size=4, alpha = 0.5)
}

Но мне это не очень нравится, потому что в моем реальном коде мне нужны другие столбцы из indata, и здесь мне нужно будет определить их все явно в dat<-...