Как наложить графики плотности в R?

Ответ 1

используйте lines для второго:

plot(density(MyData$Column1))
lines(density(MyData$Column2))

убедитесь, что границы первого графика подходят, однако.

Ответ 2

ggplot2 - еще один графический пакет, который обрабатывает такие вещи, как проблема с диапазоном, о котором упоминает Гэвин довольно красиво. Он также обрабатывает автоматическое создание соответствующих легенд и, как правило, имеет более отполированное ощущение, по моему мнению, из коробки с меньшими ручными манипуляциями.

library(ggplot2)

#Sample data
dat <- data.frame(dens = c(rnorm(100), rnorm(100, 10, 5))
                   , lines = rep(c("a", "b"), each = 100))
#Plot.
ggplot(dat, aes(x = dens, fill = lines)) + geom_density(alpha = 0.5)

Ответ 3

Чтобы предоставить полный набор, здесь версия ответа Chase с помощью lattice:

dat <- data.frame(dens = c(rnorm(100), rnorm(100, 10, 5))
                   , lines = rep(c("a", "b"), each = 100))

densityplot(~dens,data=dat,groups = lines,
            plot.points = FALSE, ref = TRUE, 
            auto.key = list(space = "right"))

который создает такой график:

Ответ 4

Добавление базовой графической версии, которая учитывает ограничения оси y, добавляет цвета и работает для любого количества столбцов:

Если у нас есть набор данных:

myData <- data.frame(std.nromal=rnorm(1000, m=0, sd=1),
                     wide.normal=rnorm(1000, m=0, sd=2),
                     exponent=rexp(1000, rate=1),
                     uniform=runif(1000, min=-3, max=3)
                     )

Затем для построения плотностей:

dens <- apply(myData, 2, density)

plot(NA, xlim=range(sapply(dens, "[", "x")), ylim=range(sapply(dens, "[", "y")))
mapply(lines, dens, col=1:length(dens))

legend("topright", legend=names(dens), fill=1:length(dens))

Что дает:

Ответ 5

Я взял приведенный выше пример решетки и сделал отличную функцию. Вероятно, есть лучший способ сделать это с изменением формы с помощью расплава/литья. (Комментарий или изменение, если вы видите улучшение.)

multi.density.plot=function(data,main=paste(names(data),collapse = ' vs '),...){
  ##combines multiple density plots together when given a list
  df=data.frame();
  for(n in names(data)){
    idf=data.frame(x=data[[n]],label=rep(n,length(data[[n]])))
    df=rbind(df,idf)
  }
  densityplot(~x,data=df,groups = label,plot.points = F, ref = T, auto.key = list(space = "right"),main=main,...)
}

Пример использования:

multi.density.plot(list(BN1=bn1$V1,BN2=bn2$V1),main='BN1 vs BN2')

multi.density.plot(list(BN1=bn1$V1,BN2=bn2$V1))

Ответ 6

Всякий раз, когда возникают проблемы с несогласованными осями, правильным инструментом в графике base является использование matplot. Ключ состоит в том, чтобы использовать аргументы from и to для density.default. Это немного хакерский, но довольно простой, чтобы катиться:

set.seed(102349)
x1 = rnorm(1000, mean = 5, sd = 3)
x2 = rnorm(5000, mean = 2, sd = 8)

xrng = range(x1, x2)

#force the x values at which density is
#  evaluated to be the same between 'density'
#  calls by specifying 'from' and 'to'
#  (and possibly 'n', if you'd like)
kde1 = density(x1, from = xrng[1L], to = xrng[2L])
kde2 = density(x2, from = xrng[1L], to = xrng[2L])

matplot(kde1$x, cbind(kde1$y, kde2$y))

При необходимости добавьте колокола и свистки (matplot принимает все стандартные аргументы plot/par, например lty, type, col, lwd,...).

Ответ 7

То, как я делаю это в базе (на самом деле упоминается в комментариях первого ответа, но здесь я покажу полный код, включая легенду, поскольку я не могу комментировать...)

Сначала вам нужно получить информацию о максимальных значениях оси y из графиков плотности. Поэтому вам нужно сначала вычислить плотности отдельно

dta_A <- density(VarA, na.rm = TRUE)
dta_B <- density(VarB, na.rm = TRUE)

Затем постройте их в соответствии с первым ответом и определите значения min и max для оси y, которую вы только что получили. (Я устанавливаю значение min равным 0)

plot(dta_A, col = "blue", main = "2 densities on one plot"), 
     ylim = c(0, max(dta_A$y,dta_B$y)))  
lines(dta_B, col = "red")

Затем добавьте легенду в верхний правый угол

legend("topright", c("VarA","VarB"), lty = c(1,1), col = c("blue","red"))