В .NET есть два доступных номера версии при создании проекта, версии файла и версии сборки. Как вы используете эти цифры? Сохранять их то же самое? Автоматически увеличивать один, но вручную менять другой?
А как насчет атрибута AssemblyInformationalVersion
?
Я нашел эту статью Microsoft Knowledge Base (KB), которая предоставила некоторую помощь: Как использовать версию сборки и версию файла сборки.