Два вопроса, действительно:
(1) Существует ли стандартное соглашение о размещении файлов конфигурации? Для системных или квазисистемных программ они, как правило, находятся где-то в /etc. Для обычных прикладных программ или pgms кажется менее понятным, что с недостаточными привилегиями для /etc.
(2) Существует множество способов предоставления информации программе, например. переменные среды, параметры командной строки, ini файлы и т.д. В параметрах программы обработки есть стандартная иерархия того, что имеет приоритет? Например. опция командной строки переопределяет файл инициализации? Наоборот? Или это полностью зависит от разработчика?