В документе mongodb говорится, что
Чтобы сжать это пространство, запустите db.repairDatabase() из оболочки mongo (обратите внимание, что эта операция будет заблокирована и будет медленной).
в http://www.mongodb.org/display/DOCS/Excessive+Disk+Space
Интересно, как сделать бесплатное удаленное дисковое пространство mongodb автоматически?
p.s. Мы сохранили много загружаемых задач в mongodb, до 20 ГБ, и закончили их через полчаса.