Я продолжаю получать ошибки "достигнутые истекшие временные рамки" в R. Я использую студию.
Это код, который я пытаюсь запустить, простой график в ggplot:
require(ggplot2)
docgraph <- ggplot(data = plotnvto, aes(calluna, doc)) +
geom_point(aes(x = calluna, y = doc, color = "calluna"), size = 3) +
geom_point(aes(x = sedge, y = doc, colour = "sedge"), size = 3) +
geom_smooth(aes(calluna,doc), method=lm, se=FALSE, color = "purple") +
geom_smooth(aes(sedge,doc), method=lm, se=FALSE, color = "green") +
scale_colour_manual("",
values = c("calluna"="purple", "sedge"="green")) +
labs(x= "Percent Cover", y= "DOC (mg/L)") +
annotate(geom="text", x=10, y=36, label="y = -0.4498x + 26.6843
R² = 0.1836, p = 0.1646",color="purple") +
annotate(geom="text", x=30, y=36, label="y = -0.5058x + 16.0603
R² = 0.1026, p = 0.3012",color="darkgreen") +
theme_bw() +
xlim(0,60) +
ylim(0,50)
docgraph
Каждый раз, когда я запускаю его, я получаю сообщение об ошибке, касающееся достижения истекшего срока. Каждый раз, когда он делает это, что-то отсутствует на графике, будь то легенда, оси, линии сетки, точки, цвета и т.д. Сообщение об ошибке также меняется каждый раз, например:
In depth(x$children[[length(x$children)]], ...) :
reached elapsed time limit
In paste(names[seq_len(n - 1L)], collapse = .grid.pathSep) :
reached elapsed time limit
In lapply(X = X, FUN = FUN, ...) : reached elapsed time limit
In x$vp : reached elapsed time limit
Ни одна из этих ошибок не относится ни к одной из моих данных. Это компьютер с установленными R и Rstudio и мои файлы данных, которые выглядят следующим образом:
summary(vegdocverages2016)
plotslope month siteplot ee6 h254 h400 doc suva
plot :12 march :12 MC:4 Min. :1.886 Min. : 962.9 Min. : 192.9 Min. : 7.109 Min. :0.08819
slope:12 october:12 MT:4 1st Qu.:2.773 1st Qu.:2216.8 1st Qu.: 445.4 1st Qu.:15.428 1st Qu.:0.10732
NC:4 Median :3.074 Median :3037.5 Median : 544.3 Median :21.407 Median :0.12451
NT:4 Mean :3.013 Mean :2947.6 Mean : 560.6 Mean :22.373 Mean :0.12649
WC:4 3rd Qu.:3.345 3rd Qu.:3712.2 3rd Qu.: 666.4 3rd Qu.:27.371 3rd Qu.:0.13597
WT:4 Max. :3.639 Max. :4735.5 Max. :1070.4 Max. :45.668 Max. :0.17626
calluna sedge sphag moss bare
Min. : 3.75 Min. :15.11 Min. : 0.000 Min. : 7.50 Min. : 1.250
1st Qu.:11.25 1st Qu.:16.75 1st Qu.: 0.000 1st Qu.:24.12 1st Qu.: 8.417
Median :15.28 Median :30.03 Median : 2.222 Median :28.89 Median :20.728
Mean :16.55 Mean :29.94 Mean : 3.097 Mean :27.98 Mean :18.136
3rd Qu.:21.44 3rd Qu.:38.65 3rd Qu.: 4.514 3rd Qu.:30.25 3rd Qu.:25.875
Max. :33.75 Max. :52.50 Max. :13.500 Max. :54.50 Max. :32.500
Warning message:
In dontCheck(fnname) : reached elapsed time limit
Являются единственными.csv, сохраненными на ПК.
Я немного запутался в том, что означает эта ошибка и как ее исправить, и я не понимаю других ответов, когда я искал эту ошибку.
редактируйте, вот sessionInfo()
R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=English_United Kingdom.1252 LC_CTYPE=English_United Kingdom.1252
[3] LC_MONETARY=English_United Kingdom.1252 LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=English_United Kingdom.1252
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] ggmap_2.6.1 ggplot2_3.0.0
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_0.12.17 pillar_1.2.3 compiler_3.5.1 plyr_1.8.4 bindr_0.1.1 tools_3.5.1
[7] digest_0.6.15 tibble_1.4.2 gtable_0.2.0 lattice_0.20-35 pkgconfig_2.0.1 png_0.1-7
[13] rlang_0.2.1 Matrix_1.2-14 mapproj_1.2.6 proto_1.0.0 bindrcpp_0.2.2 withr_2.1.2
[19] dplyr_0.7.6 stringr_1.3.1 RgoogleMaps_1.4.2 maps_3.3.0 grid_3.5.1 tidyselect_0.2.4
[25] glue_1.2.0 R6_2.2.2 jpeg_0.1-8 sp_1.3-1 purrr_0.2.5 reshape2_1.4.3
[31] magrittr_1.5 scales_0.5.0 assertthat_0.2.0 colorspace_1.3-2 geosphere_1.5-7 labeling_0.3
[37] stringi_1.1.7 lazyeval_0.2.1 munsell_0.5.0 rjson_0.2.20
Warning message:
In unlist(x, recursive = FALSE) : reached elapsed time limit
И вот некоторые примеры набора данных, который относительно невелик:
> head(vegdocverages2016)
plotslope month siteplot ee6 h254 h400 doc suva calluna sedge sphag moss bare
1 plot march NC 2.906985 3117.30 613.20 21.48609 0.12880545 3.75 52.50 0.0 7.50 25.00
2 plot march NT 2.943432 2153.04 516.12 18.29540 0.09992877 25.55 15.75 0.0 30.25 28.50
3 plot march MC 1.942531 1024.80 192.90 12.62613 0.12917354 22.00 22.00 0.0 54.50 1.25
4 plot march MT 2.581118 1985.82 356.28 13.07213 0.16446263 11.25 38.75 13.5 29.50 7.00
5 plot march WC 2.670563 2238.00 388.40 27.37139 0.12932109 10.65 16.75 3.0 45.40 23.40
6 plot march WT 2.804038 1931.50 526.80 27.37139 0.12932109 10.65 16.75 3.0 45.40 23.40
резюме:
> summary(vegdocverages2016)
plotslope month siteplot ee6 h254 h400
Length:24 Length:24 Length:24 Min. :1.886 Min. : 962.9 Min. : 192.9
Class :character Class :character Class :character 1st Qu.:2.773 1st Qu.:2216.8 1st Qu.: 445.4
Mode :character Mode :character Mode :character Median :3.074 Median :3037.5 Median : 544.3
Mean :3.013 Mean :2947.6 Mean : 560.6
3rd Qu.:3.345 3rd Qu.:3712.2 3rd Qu.: 666.4
Max. :3.639 Max. :4735.5 Max. :1070.4
doc suva calluna sedge sphag moss bare
Min. : 7.109 Min. :0.08819 Min. : 3.75 Min. :15.11 Min. : 0.000 Min. : 7.50 Min. : 1.250
1st Qu.:15.428 1st Qu.:0.10732 1st Qu.:11.25 1st Qu.:16.75 1st Qu.: 0.000 1st Qu.:24.12 1st Qu.: 8.417
Median :21.407 Median :0.12451 Median :15.28 Median :30.03 Median : 2.222 Median :28.89 Median :20.728
Mean :22.373 Mean :0.12649 Mean :16.55 Mean :29.94 Mean : 3.097 Mean :27.98 Mean :18.136
3rd Qu.:27.371 3rd Qu.:0.13597 3rd Qu.:21.44 3rd Qu.:38.65 3rd Qu.: 4.514 3rd Qu.:30.25 3rd Qu.:25.875
Max. :45.668 Max. :0.17626 Max. :33.75 Max. :52.50 Max. :13.500 Max. :54.50 Max. :32.500
