Copy api не упоминает флаг/свойство, которое можно установить. Итак, какое действие по умолчанию и как его можно изменить?
Согласно this,
Как и в случае с Gradle 0.9.1, задача копирования всегда перезаписывает файлы. Другой стратегии пока не поддерживаются.