Как уклониться от линейных ggplots на двух уровнях?

Я хотел бы сделать график диапазона точек, где точки групп не сложены друг на друга. Сюжет должен выглядеть следующим образом: :

Моя лучшая попытка сделать уклонение - использовать вектор в аргументе dodge:

library(ggplot2)

dat <- structure(list(Treatment = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("A", "B"), class = "factor"), 
    Temp = structure(c(1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 
    2L, 2L), .Label = c("10", "20"), class = "factor"), Rep = c(1L, 
    2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L), Meas = c(3L, 
    2L, 2L, 2L, 6L, 4L, 4L, 3L, 5L, 1L, 2L, 3L), SD = c(2L, 3L, 
    2L, 2L, 2L, 3L, 2L, 3L, 3L, 3L, 2L, 1L)), .Names = c("Treatment", 
"Temp", "Rep", "Meas", "SD"), row.names = c(NA, -12L), class = "data.frame")

ggplot(dat, aes(x = Treatment, y = Meas, ymin = Meas - SD/2, ymax = Meas + SD/2)) +
geom_linerange(aes(color = Temp), position=position_dodge(width=c(0.6,0.4)), size = 1, alpha = 0.5) +
geom_point(aes(color = Temp, shape = Temp), position=position_dodge(width=c(0.6,0.4)), size = 3) +
theme_bw()

Это приводит к приведенному ниже графику. Тем не менее, все точки не уклоняются, и мне нужно переместить точки и строки ошибок в Illustrator, чтобы показать график выше. Есть ли способ использовать аргумент dodge в ggplot2 на двух уровнях?

Ответ 1

Мышление логически, position_dodge больше подходит для баров. Он работает с lineranges на одном уровне фактора, однако на втором уровне трудно определить минимальное расстояние между линиями. Хотя вы можете сделать численное различие между факторами, а затем добавить правильную позицию для меток.

dat1<-cbind(dat,aux=rep(1,length(dat[,1]))) 
dat1<-within(dat1, {aux = unlist(by(aux,Treatment,cumsum))})
dat1$aux<-dat1$aux+as.numeric(dat1$Treatment)*10
ggplot(dat1, aes( x=aux, y = Meas, ymin = Meas - SD/2, ymax = Meas + SD/2)) +
geom_linerange(aes(color = Temp), size = 1, alpha = 0.5) +geom_point(aes(color = Temp, shape = Temp))+
scale_x_continuous("Treatment",breaks=c(13.5,23.5), labels=c("A","B")) + # here you define coordinates for A and B 
theme_bw()

Ответ 2

Это не решит проблему с position_dodge(), но будет обходным путем для этой проблемы.

Добавлена новая переменная x в исходный фрейм данных. Он содержит координаты x для точек/линейных связей. Значения в кадре данных должны быть для того, чтобы вы их начертили.

dat$x<-c(0.85,0.9,0.95,1.05,1.1,1.15,1.85,1.9,1.95,2.05,2.1,2.15)

Теперь используйте эту новую переменную как x, а с scale_x_continuos() установите разрывы и метки, чтобы получить A и B по шкале.

ggplot(dat, aes(x = x, y = Meas, ymin = Meas - SD/2, ymax = Meas + SD/2)) +
  geom_linerange(aes(color = Temp), size = 1, alpha = 0.5) +
  geom_point(aes(color = Temp, shape = Temp), size = 3) +
  theme_bw()+
  scale_x_continuous("Treatment",breaks=c(1,2),labels=c("A","B"),limits=c(0.5,2.5))