Следующий код не создает .ASPNET Cookie, я использую этот код в пользовательском методе входа в WebAPI
//TODO Validate Credential
var claims = new List<Claim>();
claims.Add(new Claim(ClaimTypes.Name, "ABCDE"));
claims.Add(new Claim(ClaimTypes.Email, "[email protected]"));
var id = new ClaimsIdentity(claims, DefaultAuthenticationTypes.ApplicationCookie);
var authmgr = Request.GetOwinContext().Authentication;
authmgr.SignIn(id);