Я только начинаю узнавать о KnitR и использовании Markdown в создании R-документов и отчетов. Это выглядит идеально для многих повседневных сообщений о том, что я должен заниматься своей работой. Однако одна вещь, которую я не вижу, - это простой способ печати фреймов данных и таблиц с помощью форматирования Markdown (вроде как xtable, но с Markdown вместо LaTeX или HTML). Я знаю, что я могу просто вставлять вывод HTML из xtable, но мне было интересно, есть ли какие-либо решения на основе Markdown?
Программно создавая таблицы Markdown в R с KnitR
Ответ 1
Теперь knitr (начиная с версии 1.3) пакет включает функцию kable для таблиц создания:
> library(knitr)
> kable(head(iris[,1:3]), format = "markdown")
| Sepal.Length| Sepal.Width| Petal.Length|
|-------------:|------------:|-------------:|
| 5,1| 3,5| 1,4|
| 4,9| 3,0| 1,4|
| 4,7| 3,2| 1,3|
| 4,6| 3,1| 1,5|
| 5,0| 3,6| 1,4|
| 5,4| 3,9| 1,7|
ОБНОВЛЕНО: если вы получаете необработанную отметку в документе, попробуйте установить параметр results = "asis" chunk.
Ответ 2
Два пакета, которые будут делать это, pander
library(devtools)
install_github('pander', 'Rapporter')
Или ascii
pander - несколько иной подход к построению отчета (но может быть полезен для этой функции).
ascii позволит вам print с type = 'pandoc (или различными другими отличительными признаками)
library(ascii)
print(ascii(head(iris[,1:3])), type = 'pandoc')
**Sepal.Length** **Sepal.Width** **Petal.Length**
--- ------------------ ----------------- ------------------
1 5.10 3.50 1.40
2 4.90 3.00 1.40
3 4.70 3.20 1.30
4 4.60 3.10 1.50
5 5.00 3.60 1.40
6 5.40 3.90 1.70
--- ------------------ ----------------- ------------------
Обратите внимание, что в обоих случаях он направлен на использование pandoc для преобразования из уценки в желаемый тип документа, однако использование style='rmarkdown' создаст таблицы, совместимые с этим пакетом markdown и встроенным преобразованием в rstudio.
Ответ 3
Просто хотел обновить это с помощью того, что я решил сделать. Я использую пакет hwriter прямо сейчас, чтобы распечатывать таблицы и использовать функции row.* и col.* для размещения классов CSS для разных элементов. Затем я написал собственный CSS, чтобы сделать свой дисплей так, как я этого хотел. Итак, вот пример, если кто-то имеет дело с чем-то подобным.
Сначала создайте файл, который будет делать knitting, и измените Markdown на HTML:
FILE: file_knit.r
#!/usr/bin/env Rscript
library(knitr)
library(markdown)
knit("file.Rmd")
markdownToHTML("file.md","file.html",stylesheet="~/custom.css")
Затем создайте файл Markdown:
FILE: file.Rmd
Report of Fruit vs. Animal Choices
==================================
This is a report of fruit vs. animal choices.
```{r echo=FALSE,results='asis'}
library(hwriter)
set.seed(9850104)
my.df <- data.frame(Var1=sample(x=c("Apple","Orange","Banana"),size=40,replace=TRUE),
Var2=sample(x=c("Dog","Cat","Bunny"),size=40,replace=TRUE))
tbl1 <- table(my.df$Var1,my.df$Var2)
tbl1 <- cbind(tbl1,rowSums(tbl1))
tbl1 <- rbind(tbl1,colSums(tbl1))
colnames(tbl1)[4] <- "TOTAL"
rownames(tbl1)[4] <- "TOTAL"
# Because I used results='asis' for this chunk, I can just use cat() and hwrite() to
# write out the table in HTML. Using hwrite() row.* function, I can assign classes
# to the various table elements.
cat(hwrite(tbl1,
border=NA,
table.class="t1",
row.class=list(c("header col_first","header col","header col","header col", "header col_last"),
c("col_first","col","col","col","col_last"),
c("col_first","col","col","col","col_last"),
c("col_first","col","col","col","col_last"),
c("footer col_first","footer col","footer col","footer col","footer col_last"))))
```
Наконец, просто создайте пользовательский файл CSS.
FILE: custom.css
body {
font-family: sans-serif;
background-color: white;
font-size: 12px;
margin: 20px;
}
h1 {font-size:1.5em;}
table {
border: solid;
border-color: black;
border-width: 2px;
border-collapse: collapse;
margin-bottom: 20px;
text-align: center;
padding: 0px;
}
.t1 .header {
color: white;
background-color: black;
border-bottom: solid;
border-color: black;
border-width: 2px;
font-weight: bold;
}
.t1 .footer {
border-top: solid;
border-color: black;
border-width: 2px;
}
.t1 .col_first {
border-right: solid;
border-color: black;
border-width: 2px;
text-align: left;
font-weight: bold;
width: 75px;
}
.t1 .col {
width: 50px;
}
.t1 .col_last {
width: 50px;
border-left: solid;
border-color: black;
border-width: 2px;
}
Выполнение ./file_knit.r дает мне файл file.html, который выглядит следующим образом:
Итак, надеюсь, это может быть полезно для тех, кто хочет немного форматировать вывод Markdown!
Ответ 4
В пакете pander есть функции:
> library(pander)
> pandoc.table(head(iris)[, 1:3])
-------------------------------------------
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length
-------------- ------------- --------------
5.1 3.5 1.4
4.9 3 1.4
4.7 3.2 1.3
4.6 3.1 1.5
5 3.6 1.4
5.4 3.9 1.7
-------------------------------------------
Ответ 5
Не очень сложно создать свою собственную настраиваемую функцию. Вот очень простое доказательство концепции для создания таблицы rmarkdown data.frame:
rmarkdownTable <- function(df){
cat(paste(names(df), collapse = "|"))
cat("\n")
cat(paste(rep("-", ncol(df)), collapse = "|"))
cat("\n")
for(i in 1:nrow(df)){
cat(paste(df[i,], collapse = "|"))
cat("\n")
}
invisible(NULL)
}
В документе .Rmd вы должны использовать функцию с results = 'asis':
```{r, results = 'asis'}
rmarkdownTable <- function(df){
cat(paste(names(df), collapse = "|"))
cat("\n")
cat(paste(rep("-", ncol(df)), collapse = "|"))
cat("\n")
for(i in 1:nrow(df)){
cat(paste(df[i,], collapse = "|"))
cat("\n")
}
invisible(NULL)
}
rmarkdownTable(head(iris))
```
Приведенный выше код даст вам следующий рисунок (в примере это вывод в формате pdf, но поскольку таблица находится в markdwon, вы можете вязать и html или word).
Отсюда - и чтение кода других людей - вы можете понять, как манипулировать текстом для создания нужной таблицы и создавать более персонализированные функции.
Ответ 6
используйте комбинацию knitr:: kable и xtable в вашем документе уценки.
library("knitr","xtable")
для простого data.frame -
kable(head(mtcars[,1:4]),format="markdown")
kable(head(mtcars[,1:4]),format="pandoc",caption="Title of the table")
format="pandoc" позволяет больше параметров, таких как подпись.
Теперь комбинация для резюме модели.
data(tli)
fm1 <- aov(tlimth ~ sex + ethnicty + grade + disadvg, data=tli)
kable(xtable(fm1), caption = "Annova table")
для еще большего количества вариантов смотрите stargazer вместо xtable.
Ответ 7
Чтобы написать/создать таблицы Markdown в R, вы также можете использовать MarkdownReports ' MarkDown_Table_writer_DF_RowColNames() или MarkDown_Table_writer_NamedVector(). Вы просто передаете кадр/матрицу данных с именами размеров или вектором с именами, а также анализируете и выписываете таблицу в формате Markdown.